商品有机肥和粪肥同样能够补充有机质，促进团粒结构的形成。但从绿色健康可持续发展方面来讲，商品有机肥更有优势。这是因为商品有机肥与粪肥有很多不同之处。

　　首先，商品有机肥比粪肥“无害”。 两种肥料的区别重点在于“腐熟”和“无害”。与商品有机肥相比，粪肥存在许多缺陷：

　　一是含盐分较多，容易使土壤盐化。

　　二是粪肥带有大量的病菌、虫卵，最易引发棚室内的病虫害;

　　三是粪肥养分含量不稳定，不能做到合理补肥。

　　四是粪肥内若含有害物质、重金属物质时，仅凭借高温发酵不能去除。

　　畜禽粪便对土壤既有有利的一面，也有不利的一面，两个方面在一定条件下能够相互转化。畜禽粪便的有利一面在于：能够作为肥料施用于农田培肥土壤;经常施用粪肥也能提高土壤抗风化和水侵蚀的能力，改变土壤的通气和耕作条件，增加土壤有机质和有益微生物的生长。

　　不利的方面在于：过度使用未经无害化处理的粪便会危害农作物、土壤、地表水和地下水水质。在某些情况下(通常是新鲜粪便)有烧苗现象;大量使用粪便也能引起土壤中溶解盐的积累，使土壤盐分增高，植物生长受影响。